Его также обвиняют в том, что он изложил «инструкции и операционные правила, данные Моссосу 1 октября», в день проведения незаконного референдума. В день голосования региональных чиновников обвинили в «пассивности», и они были замечены в ряде видеороликов, не предпринимавших никаких действий для остановки референдума, несмотря на то, что высшие суды Испании объявили их незаконными. (Национальная полиция и гражданская гвардия, пытаясь остановить голосование, теперь видели печально известные сцены жестокого обращения полиции с гражданскими лицами, а также были моменты напряженности между двумя вышеупомянутыми силами и самими Моссо.)

Прокурор также указал на предполагаемые приказы Траперо направить «недостаточное присутствие полиции» в Департамент экономики 20 сентября, где собралась толпа протестующих, когда испанские власти обыскивали здание, чтобы найти материалы относительно запланированного референдума. Он также обвиняется в сговоре с политиками, выступающими за независимость, о которых он «сообщил полиции и судебным расследованиям, которые велись».

Выступая в качестве свидетеля в Верховном суде, Траперо выразил свою главную линию защиты: он и Моссо всегда демонстрировали свою приверженность закону. «Мы сказали [лидерам сепаратистов], что Моссо не нарушит закон или конституцию», — сказал он тогда в суде. «Что мы не сопровождали их в их проекте, выступающем за независимость».

Но есть ряд факторов, которые могут противоречить этой защите, в том числе ряд телефонных звонков между Траперо и одним из заключенных лидеров независимости Жорди Санчесом во время протестов у здания Департамента экономики. Санчеса судили в Верховном суде и признали виновным в его причастности к организации протеста.

Распоряжения [регионального] правительства должны иметь преимущественную силу перед распоряжениями прокурора или прокурора. Перехваченная электронная почта
«Условия, наложенные Санчесом в тот день, были полностью взяты на себя Траперо, который своим преднамеренным бездействием избегал положить конец серьезной проблеме общественного порядка, которая имела место», — заявило обвинение, включая обмен электронными письмами между Переом. Солер, бывший генеральный директор Mossos, и сам Траперо. До 1 октября Солер сказал Траперо: «Приказы [регионального] правительства должны иметь приоритет над приказами прокурора или судебной полиции». В другом электронном письме, по утверждению прокуратуры, Траперо ответил: «Референдум о самоопределении Каталонии должен быть проведен 1 октября 2017 года».